PERSIST-SEQ scrute les cellules cancéreuses pour comprendre leur résistance aux traitements

Le projet collaboratif public-privé PERSIST-SEQ soutenu par l’IMI vise d’abord à normaliser les processus de préparation des échantillons en vue d’un séquençage en cellule unique, afin de disposer de données optimisées pour améliorer la compréhension de la résistance tumorale aux anticancéreux.

Nouveau projet soutenu par l’Initiative médicaments innovants (IMI) à hauteur de 7 M€ sur cinq ans, PERSIST-SEQ fédère 16 partenaires académiques et industriels, dont les membres de l’EFPIA AstraZeneca (co-leader), Merck KGaA, Bayer et Transgene, autour de la résistance des tumeurs aux traitements. Principale cause des décès par cancer, celle-ci est encore très mal comprise. Les nouvelles technologies de séquençage en cellule unique constituent une voie privilégiée d’étude des mécanismes à l’œuvre.
Cette approche nécessite de travailler sur des cellules vivantes, or « le traitement des échantillons en amont du séquençage constitue un point faible », déplore Jean-Marc Balloul, directeur innovation et partenariats de Transgene, seul membre français du consortium. « Les variabilités de méthodologies ont vraiment été identifiées par les membres industriels du consortium comme un verrou technologique pour la filière, explique Eric Quéméneur, directeur scientifique de la société alsacienne. Cet obstacle doit être surmonté avant d’aller plus loin. »

Harmoniser les pratiques

Le développement d’une approche standardisée de préparation des échantillons en vue d’un séquençage en cellule unique est ainsi le premier jalon que devra atteindre le projet PERSIST-SEQ. « Nous devons normaliser ces processus et proposer de nouvelles méthodologies pour qu’à l’arrivée, les résultats soient comparables quel que soit le laboratoire où ces opérations sont réalisées, et que la lecture des données puisse être pertinente. Nous espérons tous collectivement réussir à proposer un ensemble de méthodes robustes et généralisables qui seront adoptées par toute la communauté scientifique », décrit Jean-Marc Balloul. Le projet s’appuie sur les compétences du monde académique en matière de séquençage et d’analyse de données pour les appliquer aux pratiques industrielles de développement de médicaments. Conformément à la philosophie d’innovation ouverte pré-compétitive de l’IMI, ces méthodologies devront en effet être largement diffusées à l’issue du projet.

Cinq millions de cellules à caractériser

Ces approches seront aussitôt mises en pratique au sein du consortium pour parvenir en cinq ans à caractériser cinq millions de cellules individuelles. PERSIST-SEQ se focalisera sur trois types de tumeurs solides : poumon, colon et sein. « Nous mettrons à disposition des échantillons issus d’organoïdes tumoraux du poumon ou du colon, dérivés de biopsies de patients, dont le profil de résistance à certains traitements (chimiothérapies, inhibiteurs de checkpoint ou virus oncolytiques) a déjà été caractérisé in vitro », indique Jean-Marc Balloul. Transgene et d’autres participants adresseront leurs échantillons à l’Oncode Institute (Pays-Bas), l’autre co-leader du projet. Celui-ci effectuera le séquençage, les données résultantes devant être collectées dans des bases communes pour être traitées par les membres du consortium. L’analyse de ces données doit permettre d’identifier des voies de résistances qui éventuellement pourraient être communes à plusieurs thérapies. « Un avantage des projets IMI est qu’ils sont assez flexibles, note Jean-Marc Balloul : le cadre peut évoluer au fur-et-à-mesure des résultats obtenus. »

Source : Pharmaceutiques.com, Julie Wierzbicki, 03/09/2021

L’interview focus adhérent : KYLI

Imaginée depuis près de 5 ans, KYLI propose aux laboratoires de recherche scientifique une solution de digitalisation des activités R&D améliorant la collaboration, le contrôle qualité et la sécurité des données. Basée à Montpellier, KYLI commercialise la solution logicielle LABY et prépare d’ores et déjà l’avenir en investissant en R&D pour être capable d’accompagner et répondre aux besoins futurs des experts scientifiques notamment dans le domaine de la data science et le machine Learning.

Benjamin Jacquot, co-fondateur et Président de KYLI nous présente cette jeune entreprise bien dans son temps qui bouillonne d’idées pour faciliter et fiabiliser le travail des scientifiques.

Quel est en quelques mots votre parcours professionnel ?

J’ai toujours été attiré par la science avec l’idée de pouvoir apporter quelque chose à la société.

Après un Master en Biotechnologies j’ai intégré l’univers de la recherche chez Cisbio ou j’ai eu l’opportunité de développer un kit de diagnostic in vitro de la phase de recherche à sa commercialisation.

Pour moi la recherche ne s’arrête pas à la paillasse, j’ai donc poursuivi mes études par un MBA à l’IAE.

Benjamin jacquot, co-fondateur et président de KYLI

Puis j’ai intégré MedinCell pendant presque 10 ans. Là j’ai travaillé sur des projets de recherche et en parallèle j’ai été responsable de projets gestion et finance, en mode start-up.

Avec le développement de l’entreprise, j’ai pris en charge la gestion de la plateforme des budgets avec un grand partenaire big pharma.

Comment a émergé le projet qu’est devenu KYLI ?

En 2014, MedinCell avait le projet de se digitaliser en créant sa propre application car les solutions existantes sur le marché n’étaient pas complètement satisfaisantes (trop chères, trop spécialisées et peu adaptées à son usage…)

J’ai pris en charge ce projet et initié les premiers développements. Très vite, nous avons constaté qu’il y avait beaucoup à faire et à gagner dans l’accompagnement des travaux de recherche.

Nous avons constitué une équipe experte en informatique et fait évoluer la solution en suivant la croissance de la structure et les besoins des scientifiques au sein du laboratoire, un véritable test grandeur nature !

Après 4 ans, nous avons convenu de créer une structure indépendante et nous avons co-fondé en 2019 KYLI avec 4 collaborateurs déjà impliqués dans le projet. Dans le même esprit que le modèle que nous avions connu chez notre dernier employeur, nous permettons à tous nos collaborateurs de devenir associés. Ceci est très important pour nous et montre qu’il y a des modèles économiques viables permettant à tous de profiter de la valeur que chacun participe à créer.

Notre motivation est d’être un acteur majeur dans l’écosystème scientifique et d’amener notre pierre à l’édifice.

Quel est le savoir-faire spécifique de votre entreprise ?

LABY est un « ELN/LIMS » (ndlr : Electronic Laboratory Notebook – Lab Information Management System) tout en un. Il permet à la fois d’enregistrer les données de laboratoire mais aussi de gérer les stocks, les équipements, la documentation qualité, la bibliographie… et tout ce qui est nécessaire à la traçabilité des données.

Nous avons baigné dans l’opérationnel pour monter l’outil. L’idée a été testée sur le marché et a évolué en fonction des besoins. Ainsi actuellement notre produit LABY peut couvrir tous les besoins de la start-up jusqu’à une entreprise cotée en bourse comme MedinCell.

Qu’est-ce qui vous distingue de vos concurrents ?

Le démarrage, la formation et l’utilisation de LABY sont simples, tout est facile à mettre en place. Nous avons vraiment à cœur de placer nos utilisateurs au centre de nos réflexions et nous orientons nos développements en fonction de leurs besoins.

En second lieu, notre offre est unique avec un tarif clairement affiché et bas comparativement au marché. Il s’agit d’une solution complète permettant de suivre un projet R&D de A à Z avec un abonnement par utilisateur et par mois. Contrairement aux solutions concurrentes qui sont souvent morcelées, tout est intégré dans la solution LABY, il n’y a pas de mauvaise surprise lorsque la structure évolue. Ceci est une réelle volonté de notre part afin de pouvoir toucher un maximum de laboratoires ayant des budgets limités mais de grandes ambitions !

Enfin LABY accompagne les clients dans leur croissance et l’impact économique de notre solution est important : une fois en place le client est tranquille pour des années. LABY s’adresse aux structures tournées vers l’avenir !

Avez-vous d’autres ambitions dans le domaine des données scientifiques ?

Oui, actuellement LABY est un hub de data scientifiques mais nous souhaitons proposer une offre complémentaire avec des fonctions d’analyse de données par l’intelligence artificielle, un projet que nous développons en collaboration avec l’ISDM (ndlr : Institut de Science des Données de Montpellier).

Nous avons travaillé sur une POC (ndlr : Proof Of Concept) avec la société toulousaine Enterosys (ndlr : dirigé par Maxime Fontanié, ancien Président et membre de Biomed Alliance et aussi dirigeant de la société Vibiosphen).

Ce projet fait partie de la genèse même de LABY et maintenant nous avons la capacité de le réaliser.

Il nous a permis d’être lauréat du LAB Start-up 2021 et de présenter le projet lors du Forum Labo qui se tiendra à Paris du 5 au 7 octobre 2021, sur lequel nous aurons plaisir à vous rencontrer !

Ce projet innovant, soutenu également par Bpifrance dans le cadre de notre label Deeptech, est dédié aux laboratoires académiques et privés en Recherche, Analyse et Contrôle dans les domaines de la pharmacie, des biotechnologies, de la chimie, de l’agroalimentaire, de la cosmétologie, de l’environnement.

Que pensez-vous de l’état de la digitalisation en France ?

En France les usages commencent à évoluer et il y a encore des besoins inexploités.

La crise de la Covid a démontré qu’il y a une réelle nécessité d’avoir à disposition des informations à distance de manière sécurisée. Cette crise a ouvert la curiosité des laboratoires français et le marché évolue. Néanmoins, malgré l’accélération de la transformation digitale en France, il y a encore un manque d’information et de formation et nous avons pris du retard sur d’autres pays qui ont amorcé cette transformation plus tôt et qui continuent à innover. 

Comment KYLI participe-t-elle à la transformation digitale en France ?

En formant et informant. Nous avons approché quelques universités dans l’objectif de les sensibiliser et permettre de vulgariser le digital dans la recherche. Nous avons la volonté d’informer les chercheurs sur les avantages de ce type d’outil et leur faire savoir ce que sera leur métier de demain : La question n’étant plus « est-ce que je dois me digitaliser » mais « comment me digitaliser au mieux ».

Quelles est la plus belle réussite de votre entreprise/entreprenariat ?

Être passé de l’idée aux contrats, avec des clients qui sont aussi des partenaires.

Ceci a été permis notamment grâce à l’implication de l’équipe dans la réussite de la société. L’aspect humain et la réussite du management collaboratif que nous pratiquons est aussi un important motif de satisfaction.

Les premières récompenses de KYLI validant le projet sont aussi des éléments de satisfaction et de gain de confiance. LABY a été lauréat notamment de Creacc, du forum Labo, de la BFT (ndlr : dispositif Bourse French Tech avec BPI.

Avec le recul qu’est-ce que vous feriez différemment dans votre parcours de création/développement de votre entreprise ?

Avec le recul nous n’aurions peut-être pas créé KYLI 3 mois avant la Covid !!…. Ça a été un énorme exercice pour repenser tout le modèle sur lequel nous nous étions basés à la création.

Nous avons aussi eu à cœur de proposer un projet abouti à nos clients donc tous les efforts ont été mis sur la conception de l’outil et son enrichissement et la partie commerciale a été négligée dans un premier temps.

Enfin, nous n’avons pas encore validé notre statut de JEI (ndlr : Jeune Entreprise Innovante). Nous sommes sur des sujets très complexes par rapport à l’intelligence artificielle. Nous avons voulu monter ce dossier en solo en se focalisant sur la description de l’innovation mais malgré la terminologie, l’obtention du statut est soumise au caractère de recherche et non d’innovation. Nous aurions gagné du temps en nous faisant accompagner par un expert. D’un autre côté, cet exercice nous a permis d’affiner notre communication et de mettre en avant le bénéfice à l’utilisateur et non plus l’explication technique de l’outil. 

Quels ont été ou sont au contraire les éléments facilitateurs ?

Nous avons participé au jumping création du BIC (Business & Innovation Center, Montpellier), ce qui nous a permis d’être très challengés en amont de l’incubation. Puis le BIC nous a accompagné dans la création et nous avons eu accès rapidement à des locaux au sein de l’incubateur CAP OMEGA. L’obtention du prêt d’honneur CREALIA a également joué un rôle majeur, nous permettant de renforcer les fonds propres pour se dimensionner en préalable des demandes de subventions auprès d’ADD’OC (start’OC) et la BPI (BFT).

Les dispositifs d’accompagnement des sociétés mis en place par l’État nous ont aussi bien épaulé au début de la période Covid.

Enfin, s’inscrire dans un réseau d’entreprises innovantes est aussi une aide. Par exemple dans le réseau BIOMED Alliance, nous avons trouvé de la proximité et des échanges fructueux, lors des ateliers métiers notamment. C’est un réseau de partage très humain et animé que nous apprécions beaucoup.

Quels conseils donneriez-vous aux jeunes entrepreneurs/entreprises ?

De ne pas attendre que son produit soit parfait pour le tester auprès du client. Au plus tôt l’idée est testée sur le marché, au mieux c’est, ensuite on ajuste. Par exemple, après une demande de la part de plusieurs clients, nous avons ajouté un Gantt automatisé à notre solution.En moins de 2 semaines, la première version de cette fonctionnalité a été mise en place et est maintenant en production!

Claire Toutin

BIOMED Alliance

 BMA souhaite remercier Benjamin Jacquot et Stéphanie Laluque pour leur disponibilité et la qualité des échanges lors de la préparation de cet article.

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Cet article est issu de propos libre récoltés lors d’un entretien, avec l’aimable autorisation de Monsieur Benjamin Jacquot, Président de KYLI.

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KYLI : https://www.biomedalliance.fr/entreprise/kyli/

Retrouvez KYLI  à Montpellier

et au webinaire

 

Le Centre international de recherche sur le cancer presse l’Union européenne d’adopter le logo Nutri-score

Alors que le Nutri-score est vivement contesté par certains industriels et producteurs, le CIRC prend position en faveur de cet étiquetage nutritionnel, vanté comme un outil de prévention « efficace ».

C’est un soutien de taille pour le Nutri-score, logo nutritionnel qui fait l’objet d’une âpre bataille entre épidémiologistes, industriels et certains groupements de producteurs. Mercredi 1er septembre, le Centre international de recherche sur le cancer (CIRC), une agence rattachée à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), a publié une note de synthèse sur le nutri-score, appelant à son « adoption obligatoire et urgente au niveau de l’Union européenne et au-delà ». Selon le CIRC, ce logo – qui renseigne sur la composition nutritionnelle d’aliments manufacturés, au moyen d’un score allant de A à E et d’un code couleur du vert au rouge apposés sur la face avant des emballages – « est un outil efficace pour guider le consommateur vers des choix alimentaires plus sains », et en ce sens participe à la prévention contre le cancer.

Pour établir ce « brief », les experts du CIRC se sont appuyés sur les dernières données scientifiques, notamment celles issues de la cohorte EPIC (une vaste enquête européenne sur les liens entre alimentation et santé menée sur plus de 500 000 personnes), montrant un lien significatif entre la consommation d’aliments mieux notés par le Nutri-score, et un moindre risque de cancers et de mortalité. Et Inge Huybrechts, chercheuse en épidémiologie nutritionnelle au CIRC de préciser :

« Ces travaux publiés, ajoutés à l’ensemble de la littérature scientifique aujourd’hui disponible sur le Nutri-score (près d’une cinquantaine de publications au niveau international), constituent maintenant un socle très robuste de connaissances conduisant à recommander son adoption comme logo obligatoire en Europe. »

Source : Lemonde.fr, Mathilde Gérard, 02/09/2021

Le Rapport sur les résultats du Fonds mondial révèle l’impact dévastateur du COVID-19 sur les programmes de lutte contre le VIH, la tuberculose et le paludisme

Pour la première fois depuis sa création, en 2002, le Fonds mondial de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme (aussi appelé « Fonds mondial ») a fait état d’un recul dans la lutte contre ces épidémies, en raison de la pandémie de Covid-19.

Dans le rapport annuel publié par la fondation le mercredi 8 septembre, les chiffres de 2020 « confirment ce que nous redoutions au moment où le Covid-19 est apparu », a résumé Peter Sands, directeur exécutif du Fonds : « L’impact du Covid-19 a été dévastateur. Pour la première fois de notre histoire, nos principaux indicateurs sont en recul. »

La lutte contre la tuberculose particulièrement touchée

Le Covid-19 a gravement perturbé l’accès aux systèmes de santé, aux tests de dépistage et aux traitements dans de nombreux pays. La pandémie a notamment eu des conséquences « catastrophiques » dans la lutte contre la tuberculose. En 2020, le nombre de personnes traitées pour une tuberculose résistante aux médicaments a baissé de 19 %. Dans les pays où le Fonds mondial investit, quelque 4,7 millions de personnes atteintes par la maladie ont reçu un traitement, soit environ un million de moins qu’en 2019.

Sur le front de la lutte contre le VIH, l’impact du Covid-19 est également significatif. Si le nombre de personnes positives recevant un traitement antirétroviral a continué d’augmenter, de 9 % en 2020, le rapport fait état d’un recul « alarmant » des services de prévention et de dépistage auprès des personnes-clés et vulnérables.

Le nombre de personnes touchées par des programmes de prévention du sida a diminué de 11 % en 2020, de 12 % auprès des plus jeunes populations. Le nombre de traitements administrés aux mères pour empêcher leur bébé de contracter le virus a, lui, baissé de 4,5 %. Le dépistage du sida a globalement fléchi de 22 %, retardant le début des traitements dans la plupart des pays. Dans les pays où le Fonds mondial investit, 21,9 millions de personnes étaient sous traitement antirétroviral contre le VIH en 2020, une hausse de 8,8 % par rapport à 2019.

Jusqu’à présent, les programmes de lutte contre le paludisme semblent avoir été moins affectés par le Covid-19, poursuit le rapport. Le nombre de moustiquaires distribuées a notamment continué de croître, de 17 % en 2020. En effet, dans un certain nombre de pays, les volontaires engagés dans la lutte contre la maladie ont délaissé les distributions dans les grands centres, incompatibles avec la pandémie, au profit du porte-à-porte.

Pour autant, le nombre de dépistages de personnes soupçonnées d’avoir le paludisme a baissé de 4,3 % en 2020. Et les progrès pour endiguer la maladie ont stagné, déplore le Fonds.

Quelques lueurs d’espoir

La pandémie de Covid-19 a fait la lumière sur l’« importance cruciale » des systèmes de santé dans le monde, souligne le Fonds. Quelques lueurs d’espoir cependant : elle a été à l’origine d’un certain nombre d’innovations dont a profité la lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme.

Au Nigeria, par exemple, l’agence nationale de contrôle du sida a opportunément procédé à des dépistages du VIH sur des personnes qui se déplaçaient dans les centres médicaux pour des tests de dépistage du SARS-CoV-2, relate le Fonds. Résultat : les détections de personnes positives ont augmenté.

En 2020, la réponse rapide du Fonds à la pandémie a permis d’éviter le pire, se félicite-t-il également. L’an dernier, il a déboursé 4,2 milliards de dollars (environ 3,5 milliards d’euros) pour continuer de lutter contre sida, tuberculose et paludisme.

Le Fonds mondial est un partenariat original entre Etats, société civile, secteur privé et malades. Ses ressources allouées vont pour moitié à la lutte contre le sida et pour moitié au paludisme et la tuberculose. Depuis sa création, en 2002, il revendique 44 millions de vies sauvées.

Source : Le Monde.fr, 08/09/2021

Lire le rapport complet du Fonds mondial